故事發生在美麗的志摩市因交通意外失去母親的小男孩相澤透一天在好奇心的驅使下在海島上找到一塊閃爍著紅光的石頭上面還有一枚蛋剛握在手里從蛋里竟孵出一只小烏龜來為了紀念母親生前對他的昵稱小透給小烏龜起名為“透透”并瞞著父親孝介把透透養在家里　　平常在家里不愛說話的小透由此一天天的開朗起來這讓孝介感到驚訝而欣慰然而事情并沒有這么簡單這并不是普通的小烏龜它不但生長速度驚人而且還懂得制造氣流在空中飛行青梅竹馬的鄰家女孩西尾麻衣了解到這一切她告訴小透透透有可能是33年前以自爆方式拯救了志摩市的怪獸加美拉后來透透長大到實在沒法遮掩小透便把它搬進了海邊一個秘密小屋　　麻衣原來一直有心臟毛病翌日她將要到名古屋的大醫院動手術得知此事小透決定要送給麻衣當地流傳能帶來好運的緋紅色守護石而這塊守護石正是透透出生時那塊發出紅光的石頭窩麻衣為此向“兩個小透”都表示感激　　一天小屋里的透透突然不見蹤影小透正要四出尋找一頭兇惡的蜥蜴怪獸積達士出現不僅在市鎮上大肆破壞還掠食人類孝介趕到現場打算帶兒子和他的小伙伴脫離險境卻不知積達士已經在背后張開了血盆大口千鈞一發之際一個龐大身影閃過將積達士撞開果然透透就是年幼的加美拉　　只有成年體型四分之一的透透經過苦戰一場終于把積達士打入大海而自己也耗盡了力氣被政府內閣官員帶同巨型生物審議委員會抓走小透卻只能眼睜睜的看著透透被軍方押送離開不過壞消息隨后帶來了一個好消息：麻衣的母親來電告訴小透女兒的手術順利完成奇怪的是麻衣在夢中卻一直念叨著要把守護石還給透透　　學者雨宮本想對加美拉進行催長手術好讓它盡快長大足以抵抗恐怖怪獸的襲擊沒想試驗還在進行的時候積達士再次在名古屋登陸直接給研究所殺了個措手不及成長不完全的透透也只好再度迎戰而此時的小透正在趕往名古屋的路上他明白到守護石必須回到透透身上才能讓透透發揮出最大的力量　　可是小透徒步實在太慢了麻衣也心急如焚要親自送守護石回去卻被父母和醫生勸阻透透面對積達士完全沒有還手之力這下子可危險了……