世間人多如天上之星邂逅亦多如天上之星緊接著的……是離別　　刺耳的警報聲驟然響起通過無線電傳入每個人的耳中八號殖民地“白雪公主”正遭到突如其來的襲擊防御力量正被迅速瓦解與此同時“白雪公主”內部突然出現幾個頭帶斗笠象僧侶一樣的人開始追殺研究員……當入侵的機器人突入“白雪公主”的時候里面已經血流成河那些僧侶們留下一句“你來遲了一步復仇者你還未夠道行啊”就神秘的消失了　　接到求救的聯合宇宙軍戰艦迅速趕到但是“白雪公主”各處已經開始發生爆炸入侵的機器人留下的唯一蹤跡是玻色子跳躍前的模糊影響而這種跳躍應該是比它大幾十倍的大型戰艦才能做到了幽靈機器人的說法因此不徑而走　　因為四個殖民地連續發生爆炸地球統合軍成立意外調查委員會負責調查次事但他們不信有關機器人玻色子跳躍的事情還把宇宙軍排除在外為此聯合宇宙軍自行展開調查計劃從玻色子跳躍系統入手這就牽涉到葫蘆計劃葫蘆計劃是在人類活動頻繁的宇宙區域內的一些殖民地之間建立玻色子跳躍通道這樣擁有次元歪曲防壁可以經受跳躍沖擊的戰艦就可以通過郁金香方便的來往于各地按照計劃星野琉璃少校任艦長的機動戰艦NADESICO·B奉命出發前往葫蘆計劃的中樞——殖民地“天照”　　在殖民地“天照”琉璃受到當地指揮官的故意怠慢于是她將計就計表面上接受殖民地安排的所謂“檢查”暗地里利用NADESICO·B里的超級電腦“思兼”侵入“天照”的電腦系統結果不僅發現有葫蘆計劃正式設計圖上沒有的玻色子跳躍通道還發現大量非正式的玻色子跳躍的人體實驗記錄　　正在這個時候“天照”內的電腦系統出現反常現象電子屏幕上充滿了OTIKA的字樣無法正常工作“OTIKA反過來就是AKITO也就是明人”突然想到這點的琉璃似乎預感到什么“那是暗號還是巧合但是那個人……明人和由利加已經死了呀”　　入侵者終于出現了在玻色子的燦爛光芒中連NADESICO也無法識別的入侵機器人雖然只有十來米長但是激動性和威力卻非常強大這時琉璃果斷地命令NADESICO進入戰備狀態但不參與“天照”的保衛戰斗而是靜觀其變另一方面天照出動的是涼子帶隊的愛特巴里斯隊入侵者似乎抵擋不住迎擊而想要撤退可是誰知這是調虎離山之計當愛特巴里斯隊被引到殖民地外圈的時候一艘不明戰艦突然通過時空跳躍出現用重力波炮攻擊使殖民地警衛隊損毀嚴重入侵機器人也乘亂進入了殖民地內部　　“你認識的天河明人已經死了我想你收下他曾生存的證據”星野琉璃被稱為“電子的妖精”的女孩NADESICO·B的艦長琉璃+超級電腦思兼+NADESICO·C= 無敵　　最后的決斗就在眼前明人乘坐的黑色機器人蓄勢待發　　“他會回來的如果他不回來我們便追上去因為那個人對我們很重要”　　這時在殖民地指揮部一伙自稱火星后繼者的人發動政變占領了“天照”而另一方面緊隨入侵機器人進到基地內部的涼子在那里見到了上次戰爭中地球和木星都想得到的火星遺跡——玻色子跳躍的黑匣子黑暗中突然傳來一陣攝人心魄的鈴聲“危險”聽到了黑色機器人駕駛員的警告涼子僥幸躲過了偷襲偷襲者出現了他們就是上次在“白雪公主”大開殺界的那些僧侶也是火星后繼者背后的影子——心黑手辣的暗殺者僧侶的首領向黑色機器人發話了“你要死在自己的妻子面前嗎”隨著這話音遺跡緩緩展開出現在里面的竟然是由利加原來由利加沒有死啊涼子想那么明人呢剛才黑色機器人駕駛員的聲音怎么這么耳熟啊是明人他們都還活著　　混戰中涼子被趕來支援的赤月救出明人和由利加下落不名“天照”終于被火星后繼者給爆破了之后火星后繼者占據了火星極冠在那里和他們的支持者集結想要依靠遺跡的力量和統合軍對抗　　通過調查大家得知火星后繼者造就和尼魯加路的競爭對手聯合起來希望通過掌握波色子跳躍通道的“葫蘆計劃”來達到起野心為此需要那些為數不多的A級跳躍者來做玻色子單體跳躍的領航員明人和由利加就是在蜜月旅行的時候被火星后繼者綁架了的當局為了保密才宣稱他們不幸遇難后來明人僥幸逃脫了出來一直在暗中和火星后繼者戰斗　　面對新的威脅琉璃等人奉命回地球召集人手已經退役的原NADESICO成員又重新聚集起來更有不少年輕人加入然而到達地球的不只是他們……戰斗即將爆發結局到底是什么樣的呢