自西元20XX年人類從肯亞圖爾卡納湖的湖畔挖出了一個名叫索哈爾(Zohar)的物體之后便開始對它進行研究后來有人重建出來所謂的“神之語言”并建立電腦程式以啟動原始索哈爾進行和上位領域的U-DO(上位領域當中的紅色波動存在)連結的連結實驗但很不幸地從上位領域流入下位領域的能量造成了事象變移使地球(游戲中所謂的“失落耶路撒冷”)幾乎完從從宇宙中“消失”人類因而被迫逃亡離開地球　　到了四千年多后在故事開始前十五的T.C.4753年米爾奇亞行星(Miltia)爆發了所謂的米爾奇亞沖突事件在此次事件當中米爾奇亞行星的人類疑似遭到了格諾西斯(Gnosis)的攻擊并在沖突事件后消失但事件的真相卻因為米爾奇亞的消失而不為人知在事件后啟動原始索哈爾（后來人類制造出了十二具索哈爾模擬體因此原有的索哈爾就被稱之為原始索哈爾）所需的神之語言、原始索哈爾的研究成果、米爾奇亞的U.M.N.座標等事物都被封存在Y資料當中而Y資料又被封存在百式觀測用合成人(Relian)M.O.M.O.的意識內然而這么做卻引起了各方勢力對M.O.M.O.的爭奪因此星團聯邦政府(游戲中統治各行星的政府英文名Galaxy Federation)雇了一個名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)以保護M.O.M.O.的安全　　另一方面在米爾奇亞沖突事件結束后的十幾年也就是大約在游戲EPI開始的時候當時最大的企業貝克達公司以對抗格諾西斯侵擾的名義進行對格諾西斯用戰斗兵器KOS-MOS的開發計劃但和當時多使用合成人(Relian)與生化人(Cyborg)的情況所不同的是KOS-MOS是個純粹的機械制品另一方面在EPI開始時參與KOS-MOS開發計劃的貝克達公司第一開發局研究人員卯月紫苑正乘著當時載有還沒正式啟動的KOS-MOS的Woglinde號太空船進行旅途但沒想到其太空船卻被沖著索哈爾而來的格諾西斯所攻擊而KOS-MOS也在此時突然啟動卯月紫苑因而被卷入一連串和格諾西斯及索哈爾有關的陰謀以及會改變人類命運的事件當中……